Los rotores hoy en día son desechables. La mayoría de los talleres mecánicos ya no rectificarán los rotores, ya que no hay suficiente material para hacerlo.
Como regla general, cuando cambias las pastillas o los rotores, necesitas hacer ambos.
Lo que pasó en tu caso es que tenías pastillas viejas que estaban desgastadas, el rotor también está desgastado. Cuando hay calor y múltiples aplicaciones de los frenos, los rotores que son delgados se deformarán ligeramente. La razón por la que no te das cuenta de esto es que, con todo desgastado, las holguras son mucho mayores que si las pastillas y los rotores fueran nuevos. Permitiendo más imperfecciones antes de que el conductor se dé cuenta. Cuando solo cambias las pastillas, tus tolerancias son mucho más ajustadas, y el conductor notará las imperfecciones mucho antes. Solución: cambia tus rotores, ve a conducir por la carretera y acopla, quema, une, empareja, etc. (la gente lo llama de muchas maneras) tus pastillas a tus rotores. Si no sabes cómo hacerlo. Puedes buscar en Google el fabricante de tu rotor para obtener el procedimiento correcto. O, en general, puedes hacer funcionar el coche de 70 km/h a 10 km/h de 7 a 10 veces, y hacerlo de 120 km/h a 60 km/h de 3 a 5 veces. Los frenos se calentarán lo suficiente para asentar las pastillas en los rotores y unirlos. Recuerda que, al hacer esto, no detengas el coche y mantengas el pedal del freno, déjalo rodar tanto como sea posible para que los frenos se enfríen uniformemente. Si no los dejas enfriar uniformemente, creará un punto caliente y comenzará a deformarse.
Espero que esto ayude, buena suerte.