Os rotores hoje em dia são descartáveis. A maioria das oficinas mecânicas não fará mais a retificação dos rotores, pois não há material suficiente para isso.
Como regra geral, quando você troca as pastilhas ou os rotores, você precisa fazer os dois.
O que aconteceu no seu caso é que você tinha pastilhas velhas que estavam gastas, o rotor também está gasto. Quando há calor e múltiplas aplicações dos freios, os rotores que são finos empenarão ligeiramente. A razão pela qual você não percebe isso é que, com tudo gasto, as folgas são muito maiores do que se as pastilhas e os rotores fossem novos. Permitindo mais imperfeições antes que o motorista perceba. Quando você troca apenas as pastilhas, suas tolerâncias são muito menores, e o motorista notará as imperfeições muito mais cedo. Solução: troque seus rotores, vá dirigir na estrada e faça o mesh, burn, meet, pair, etc (as pessoas chamam de muitas coisas) de suas pastilhas com seus rotores. Se você não souber como fazer isso. Você pode pesquisar no Google o fabricante do seu rotor para obter o procedimento correto. Ou, geralmente, você pode rodar o carro de 70 km/h a 10 km/h de 7 a 10 vezes, e fazê-lo de 120 km/h a 60 km/h de 3 a 5 vezes. Os freios ficarão quentes o suficiente para assentar as pastilhas nos rotores e uni-los. Lembre-se que, ao fazer isso, não pare o carro e segure o pedal do freio, deixe-o rodar o máximo possível para que os freios esfriem uniformemente. Se você não deixá-los esfriar uniformemente, isso criará um ponto quente e começará a empenar.
Espero que isso ajude, boa sorte.